負責地表水生態環境監管工作。組織落實重點流域水功能區劃,負責涉水重污染行業整治提升工作。監督管理飲用水水源地生態環境保護工作,監督指導入河(入海)排污口設置。負責海洋生態環境保護工作。承擔海洋生態環境調查評價、海洋生態保護與修復監管,監督協調重點海域生態環境綜合治理工作。監督陸源污染物排海,負責防治海岸和海洋工程建設項目、廢棄物海洋傾倒等對海洋污染損害的生態環境保護工作。